Bár a teknősök nem annyira érzékenyek a víz tisztaságára, mint a halak, de a "piszkos", bomló anyagokkal telt vízben a megbetegedés valószínűsége, és egyes fertőzések elterjedése sokkal nagyobb valószínűségű. Az ilyen minőségű víznek nem csak a látványa, de a szaga sem tartozik az "elviselhető" kategóriába. Arról nem is beszélve, hogy a tiszta vízben úszkáló teknős biztos szebb látvány, mintha alig látjuk a hátát. Viszont annál igénytelenebbek, hogy szükség legyen különböző vízminőségi értékek beállítására, mint az akváriumban tartott halaknál. A víz tisztán tartására több lehetőség is van. Ezeket általában a pénzünk, és a hely nagyságának lehetősége határolja be. A legegyszerűbb, hatékony vízszűrőtől a több akváriumos (teknősös - halas - növényes) rendszerig választhatunk a lehetőségek között. A legegyszerűbb a megfelelő hatékonyságú egyszerű vízszűrő. Ez lehet külső, vagy belső szűrő, aljzatban elhelyezett, vagy egyszerűen "belógatott", tapadókorongos. Ebben a pénztárca kapacitása dönt úgy is. Minden esetre a szükséges vízcsere jelentősen csökken (közepes, vagy nagyméretű akvaterráriumnál akár félévente kellene csak), a víz tiszta, és szagtalan marad. Viszont a szűrőbetétet feltétlen szükséges időszakosan, rendszeresen kitakarítani, ami nem nagy dolog egy teljes vízcseréhez képest. Csak teknősök tartásakor a legcélszerűbb megoldásnak a vízbe helyezett, tapadókorongokkal az üveg oldalára erősíthető szűrő látszik. Egyrészt, mert a legkényelmesebb takarítani, másik pedig az, hogy a vízben lebegő anyagokat közvetlenül kiszűri. Az ékszerteknősök annyira aktívak a vízben, hogy azt állandóan felkavarják. Így a leülepedni akaró anyagok nagy része az aljzatról állandóan felkeveredik, előbb-utóbb ezek a szűrőbe kerülnek.

A szűrő kiválasztásánál fontos szempont, hogy a teknősök helyén mennyi víz van (hány liter). A megfelelő méretű szűrőt ugyanis ez alapján kell kiválasztani. Ismét megjegyzem, hogy a fogalmakat ne keverjük össze! Ha veszünk egy 60 literes akváriumot, abba kb. 20-25 liter víz lesz! Tehát ehhez a 20-25 liter vízhez kell venni a megfelelő méretű szűrőt! A megfelelő méretű szűrő kiválasztása azért fontos, mert az alul-méretezett szűrő igen rövid idő alatt eldugul, telítődik, és nagyon sűrűn kell a betétet tisztítani. A túlméterezett szűrőből viszont a víz olyan erővel jön ki, annyira keveri a vizet, hogy a teknőseink "csak pörögnek, mint a kőrhintán a vidámparkba".

Abban az esetben, ha a teljes szűrő, és a kivezető cső is a víz alatt van, a szűrőt célszerű ugy beállítani, hogy az abból kiáramló víz az aljzat felé irányuljon közel 45°-os szögben, és megcélozza a vízmelegítőt. Ezáltal az aljzatot sem rendezi át, a vízmelegítő által felmelegített vizet pedig tovább viszi, biztosítva ezzel, hogy mindenhol közel egyenlő hőmérsékletű víz legyen. Értelemszerűen, ha nem az akvaterrárium oldalára tesszük fel a tapadókorongok segítségével a szűrőt, hanem az aljzatra helyezzük (biztonságosabb megoldás!), akkor felfelé közel 45°-ba irányuljon a kiáramló víz, lehetőleg a vízmelegítő fölé.

Nem ajánlott megoldás, ha vízszintesen, rossz megoldás, ha függőlegesen áramlik ki a víz a szűrőből bármely irányba.

Nagyméretű akvaterráriumok esetén az első esetben rétegződik a víz hőfoka, nem tud megfelelően keveredni, az alja jelentősen hűvösebb lesz, mint a legfelső réteg. Az utóbbi esetben pedig nagy részben az aljzatról, vagy a felszínről visszaverődő, már szűrt víz kerül újra a szúrőbe, nincs kellő keveredés, a többi részen nem lesz megfelelő szűrés. Ha belső szűrőt használunk, azok túlnyomó többsége állítva, és/vagy fektetve is elhelyezhető. A szűrőből kiáramló víz a vizszintes - és - függőleges irányok között legyen a helyi adottságoknak megfelelően. Ennek az a lényege, hogy a teljes akváriumban keveredjen a víz, a szűrt víz ne jusson hamar vissza a szűrőbe. Külső szűrő használata esetén a víz szűrés hatékonyságának növelése érdekében csak annyi a lényeg, hogy a helyi adottságoknak megfelelően, de minél távolabb legyen egymástól a kimenő, és a bejövő vízcső. Belső szűrő használata esetén még egy jótanács: A kiáramló víz útját olyan irányba állítsuk, hogy lehetőleg minél jobban megcélozza a vízfűtőt, így segítve azt, hogy a víz hőmérséklete minél egyenletesebb oszoljon szét az akváriumban.

A szűrőt az akvaterrárium olyan részére helyezzük el, ahol bármikor könnyen hozzáférünk, a szűrő csere-tisztítás gyorsan, és könnyen lebonyolítható mindennemű átrendezés nélkül. Érdemes megjegyezni, hogy a szűrőt sokkal biztonságosabban kell rögzíteni, mint ahogy azt mi elképzeljük. A 2-3 éves teknősök (a nagyobbakról már nem is beszélve) előszeretettel cipelgetik a szűrőt, ha sikerül elmozdítaniuk (márpedig egy idő után biztosan)! A szűrők fajtájának, márkájának kiválasztása egyéni ízlés szerint történik, nem is kívánom egyik fajtát sem reklámozni. Legalább is itt nem, de a hozzászólásokban lehet kibeszélni, ajánlgatni a márkákat. Azt azonban megjegyezném, hogy a külső szűrő árban jelentősen, nagyságrendekkel drágább, de használati szempontból összehasonlíthatatlanul jobb, és kényelmesebb. Először is nem a szűrő van az akvaterráriumban, hanem csak a cső vége, az is eldugva valami kő, vagy esetleg növény alá-mögé, látvány szempontjából sokat jelenthet. Ha meg elég nagy az akvaterráriumunk, a visszavezetett vizet megoldhatjuk úgy is, hogy kis csobogót, vagy vízesést működtet. Másodszor pedig nem kell állandóan bele nyúlkálni a teknősök vizébe a napi, vagy max. kétnapi szűrőtisztítás alkalmával. Főleg, ha jó nagy akváriumunk van, és alaposan leraktuk a szűrőt, a tekiktől biztonságosan.